Forskning ved Københavns Universitet - Københavns Universitet

Forside
Rute Andreia Rodrigues da Fonseca
Rute Andreia Rodrigues da Fonseca

Lektor

  • Center for Macroecology, Evolution and Climate

    Universitetsparken 15

    2100 København Ø


  1. 2010
  2. Udgivet

    Positive selection on apoptosis related genes

    Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Kosiol, C., Vinař, T., Siepel, A. & Nielsen, Rasmus, 2010, I : FEBS Letters. 584, 3, s. 469-476 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  3. 2011
  4. Udgivet

    Positive selection on the killer whale mitogenome

    Foote, A. D., Morin, P. A., Durban, J. W., Pitman, R. L., Wade, P., Willerslev, Eske, Gilbert, M Thomas P & Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, 2011, I : Biology Letters. 7, 1, s. 116-118 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  5. 2012
  6. Udgivet

    Cephalopod genomics: a plan of strategies and organization

    Albertin, C. B., Bonnaud, L., Brown, C. T., Crookes-Goodson, W. J., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Di Cristo, C., Dilkes, B. P., Edsinger-Gonzales, E., Freeman, Jr., R. M., Hanlon, R. T., Koenig, K. M., Lindgren, A. R., Martindale, M. Q., Minx, P., Moroz, L. L., Nödl, M., Nyholm, S. V., Ogura, A., Pungor, J. R., Rosenthal, J. J. C., Schwarz, E. M., Shigeno, S., Strugnell, J. M., Wollesen, T., Zhang, G. & Ragsdale, C. W., 2012, I : Standards in Genomic Sciences. 7, s. 175-188 14 s., 1.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Proteomic analysis of a pleistocene mammoth femur reveals more than one hundred ancient bone proteins

    Cappellini, Enrico, Jensen, Lars Juhl, Szklarczyk, D. M., Ginolhac, A., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Stafford jr., T., Holen, S. R., Collins, M. J., Orlando, Ludovic Antoine Alexandre, Willerslev, Eske, Gilbert, M Thomas P & Olsen, Jesper Velgaard, 2012, I : Journal of Proteome Research. 11, 2, s. 917-926 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. 2014
  9. Udgivet

    Cephalopods in neuroscience: regulations, research and the 3Rs

    Fiorito, G., Affuso, A., Anderson, D. B., Basil, J., Bonnaud, L., Botta, G., Cole, A., D'Angelo, L., De Girolamo, P., Dennison, N., Dickel, L., Di Cosmo, A., Di Cristo, C., Gestal, C., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Grasso, F., Kristiansen, T., Kuba, M., Maffucci, F., Manciocco, A., Mark, F. C., Melillo, D., Osorio, D., Palumbo, A., Perkins, K., Ponte, G., Raspa, M., Shashar, N., Smith, J., Smith, D., Sykes, A., Villanueva, R., Tublitz, N., Zullo, L. & Andrews, P., 2014, I : Invertebrate Neuroscience. 14, 1, s. 13-36 24 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Comparative genomics reveals insights into avian genome evolution and adaptation

    Zhang, Guojie, Li, C., Li, Q., Li, B., Larkin, D. M., Lee, C., Storz, J. F., Antunes, A., Greenwold, M. J., Meredith, R. W., Ödeen, A., Cui, J., Zhou, Q., Xu, L., Pan, H., Wang, Z., Jin, L., Zhang, P., Hu, H., Yang, W., Hu, J., Xiao, J., Yang, Z., Liu, Y., Xie, Q., Yu, H., Lian, J., Wen, P., Zhang, F., Li, H., Zeng, Y., Xiong, Z., Liu, S., Zhou, L., Huang, Z., An, N., Wang, J., Zheng, Q., Xiong, Y., Wang, G., Wang, B., Wang, J., Fan, Y., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Alfaro Nuñez, L. A., Schubert, M., Orlando, Ludovic Antoine Alexandre, Mourier, T., Howard, J. T., Ganapathy, G., Pfenning, A., Whitney, O., Rivas, M. V., Hara, E., Smith, J., Farré, M., Narayan, J., Slavov, G., Romanov, M. N., Borges, R., MacHado, J. P., Khan, I., Springer, M. S., Gatesy, J., Hoffmann, F. G., Opazo, J. C., Håstad, O., Sawyer, R. H., Kim, H., Kim, K. W., Kim, H. J., Cho, S., Li, N., Huang, Y., Bruford, M. W., Zhan, X., Dixon, A., Bertelsen, Mads Frost, Derryberry, E., Warren, W., Wilson, R. K., Li, S., Ray, D. A., Green, R. E., O'Brien, S. J., Griffin, D., Johnson, W. E., Haussler, D., Ryder, O. A., Willerslev, Eske, Graves, G. R., Alström, P., Fjeldså, Jon, Mindell, D. P., Edwards, S. V., Braun, E. L., Rahbek, Carsten, Burt, D. W., Houde, P., Zhang, Y., Yang, H., Wang, J., Jarvis, E. D., Gilbert, M Thomas P & Wang, Jun, 2014, I : Science. 346, 6215, s. 1311-1320 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    DivA: detection of non-homologous and very divergent regions in protein sequence alignments

    Zepeda Mendoza, M. L., Nygaard, S. & Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, 2014, I : BMC Research Notes. 7, 806, 6 s., 806.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Proteomic Profiling of Cytosolic Glutathione Transferases from Three Bivalve Species: Corbicula fluminea, Mytilus galloprovincialis and Anodonta cygnea

    Martins, J. C., Campos, A., Osorio, H., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia & Vasconcelos, V., 2014, I : International Journal of Molecular Sciences (Online). 15, 2, s. 1887-1900 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    The elusive nature of adaptive mitochondrial DNA evolution of an Arctic lineage prone to frequent introgression

    Melo-Ferreira, J., Vilela, J., Fonseca, M. M., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Boursot, P. & Alves, P. C., 2014, I : Genome Biology and Evolution. 6, 4, s. 886-896 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Whole-genome analyses resolve early branches in the tree of life of modern birds

    Jarvis, E. D., Mirarab, S., Aberer, A. J., Li, B., Houde, P., Li, C., Ho, S. Y. W., Faircloth, B. C., Nabholz, B., Howard, J. T., Suh, A., Weber, C. C., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Li, J., Zhang, F., Li, H., Zhou, L., Narula, N., Liu, L., Ganapathy, G., Boussau, B., Bayzid, M. S., Zavidovych, V., Subramanian, S., Gabaldón, T., Capella-Gutiérrez, S., Huerta-Cepas, J., Rekepalli, B., Terkelsen, K. M., Schierup, M. H., Lindow, Bent Erik Kramer, Warren, W. C., Ray, D., Green, R. E., Bruford, M. W., Zhan, X., Dixon, A., Li, S., Li, N., Huang, Y., Derryberry, E. P., Bertelsen, Mads Frost, Sheldon, F. H., Brumfield, R. T., Mello, C. V., Lovell, P. V., Wirthlin, M., Schneider, M. P. C., Prosdocimi, F., Samaniego Castruita, J. A., Velazquez, A. M. V., Alfaro Nuñez, L. A., Campos, P., Petersen, Bent, Sicheritz-Ponten, T., Pas, A., Bailey, T., Scofield, P., Bunce, M., Lambert, D. M., Zhou, Q., Perelman, P., Driskell, A. C., Shapiro, B., Xiong, Z., Zeng, Y., Liu, S., Li, Z., Liu, B., Wu, K., Xiao, J., Yinqi, X., Zheng, Q., Zhang, Y., Yang, H., Wang, J., Smeds, L., Rheindt, F. E., Braun, M., Fjeldså, Jon, Orlando, Ludovic Antoine Alexandre, Barker, F. K., Jønsson, Knud Andreas, Johnson, W., Koepfli, K. P., O'Brien, S., Haussler, D., Ryder, O. A., Rahbek, Carsten, Willerslev, Eske, Graves, G. R., Glenn, T. C., McCormack, J., Burt, D., Ellegren, H., Alström, P., Edwards, S. V., Stamatakis, A., Mindell, D. P., Cracraft, J., Braun, E. L., Warnow, T., Wang, Jun, Gilbert, M Thomas P & Zhang, Guojie, 2014, I : Science. 346, 6215, s. 1320-1331 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. 2015
  16. Udgivet

    A refined model of the genomic basis for phenotypic variation in vertebrate hemostasis

    Ribeiro, Â. M., Zepeda Mendoza, M. L., Bertelsen, Mads Frost, Kristensen, Annemarie T., Jarvis, E. D., Gilbert, M Thomas P & Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, 2015, I : B M C Evolutionary Biology. 15, 8 s., 124.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Ancient genomics

    Der Sarkissian, C., Allentoft, Morten Erik, Avila Arcos, M. D. C., Barnett, R., Campos, P. F., Cappellini, Enrico, Ermini, L., Fernandez Garcia, R., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Ginolhac, A., Hansen, Anders Johannes, Jónsson, H., Korneliussen, Thorfinn Sand, Margaryan, Ashot, Martin, M. D., Moreno Mayar, José Victor, Raghavan, M., Rasmussen, M., Sandoval-Velasco, Marcela, Schroeder, Hannes, Schubert, M., Seguin-Orlando, A., Wales, N., Gilbert, M Thomas P, Willerslev, Eske & Orlando, Ludovic Antoine Alexandre, 2015, I : Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 370, 1660, 12 s., 20130387.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Phylogenomic analyses data of the avian phylogenomics project

    Jarvis, E. D., Mirarab, S., Aberer, A. J., Li, B., Houde, P., Li, C., Ho, S. Y. W., Faircloth, B. C., Nabholz, B., Howard, J. T., Suh, A., Weber, C. C., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Alfaro Nuñez, L. A., Narula, N., Liu, L., Burt, D., Ellegren, H., Edwards, S. V., Stamatakis, A., Mindell, D. P., Cracraft, J., Braun, E. L., Warnow, T., Wang, Jun, Gilbert, M Thomas P & Zhang, Guojie, 2015, I : GigaScience. 4, 9 s., 4.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Proteomic profiling of gill GSTs in Mytilus galloprovincialis from the North of Portugal and Galicia evidences variations at protein isoform level with a possible relation with water quality

    Azevedo, C. C., Guzman-Guillen, R., Martins, J. C., Osório, H., Vasconcelos, V., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia & Campos, A., 2015, I : Marine Environmental Research. 110, s. 152-161 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Shotgun analysis of the marine mussel Mytilus edulis hemolymph proteome and mapping the innate immunity elements

    Campos, A., Apraiz, I., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia & Cristobal, S., 2015, I : Proteomics. 15, 23-24, s. 4021-4029 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    The origin and evolution of maize in the Southwestern United States

    Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Smith, B. D., Wales, N., Cappellini, Enrico, Skoglund, P., Fumagalli, M., Samaniego Castruita, J. A., Carøe, Christian, Avila Arcos, M. D. C., Hufnagel, D. E., Korneliussen, Thorfinn Sand, Vieira, Filipe Garrett, Jakobsson, M., Arriaza, B., Willerslev, Eske, Nielsen, Rasmus, Hufford, M. B., Albrechtsen, Anders, Ross-Ibarra, J. & Gilbert, M Thomas P, 2015, I : Nature Plants. 1, 5 s., 14003.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  22. 2016
  23. Udgivet

    Combined transcriptomic and proteomic analysis of the posterior salivary gland from the southern blue-ringed octopus and the southern sand octopus

    Whitelaw, B. L., Strugnell, J. M., Faou, P., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Hall, N. E., Norman, M., Finn, J. & Cooke, I. R., 2016, I : Journal of Proteome Research. 15, 9, s. 3284-3297 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Comparative analysis of complete mitochondrial genomes suggests that relaxed purifying selection is driving high nonsynonymous evolutionary rate of the NADH2 gene in whitefish (Coregonus ssp.)

    Jacobsen, M. W., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Bernatchez, L. & Hansen, M. M., 2016, I : Molecular Phylogenetics and Evolution. 95, s. 161-170 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Next-generation biology: sequencing and data analysis approaches for non-model organisms

    Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Albrechtsen, Anders, Themudo, G. E. C., Ramos Madrigal, J., Sibbesen, J. A., Sørensen, L. M., Zepeda Mendoza, M. L., Campos, P., Heller, Rasmus & Pereira, R., 2016, I : Marine Genomics. 30, s. 3-13

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. 2017
  27. Udgivet

    Marine genomics: news and views

    Oliveira Ribeiro, Â. M., Foote, A. D., Kupczok, A., Frazão, B., Limborg, Morten Tønsberg, Piñeiro, R., Abalde, S., Rocha, S. & Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, feb. 2017, I : Marine Genomics. 31, s. 1-8 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    Molecular clocks indicate turnover and diversification of modern coleoid cephalopods during the Mesozoic Marine Revolution

    Tanner, A. R., Fuchs, D., Winkelmann, I. E. H., Gilbert, M Thomas P, Pankey, M. S., Oliveira Ribeiro, Â. M., Kocot, K. M., Halanych, K. M., Oakley, T. H., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Pisani, D. & Vinther, J., 15 mar. 2017, I : Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 284, 1850, 7 s., 20162818.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Natural selection shaped the rise and fall of passenger pigeon genomic diversity

    Murray, G. G. R., Soares, A. E. R., Novak, B. J., Schaefer, N. K., Cahill, J. A., Baker, A. J., Demboski, J. R., Doll, A., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Fulton, T. L., Gilbert, M Thomas P, Heintzman, P. D., Letts, B., McIntosh, G., O'Connell, B. L., Peck, M., Pipes, M., Rice, E. S., Santos, K. M., Sohrweide, A. G., Vohr, S. H., Corbett-Detig, R. B., Green, R. E. & Shapiro, B., 17 nov. 2017, I : Science. 358, 6365, s. 951-954 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. 2018
  31. Udgivet

    "Out of the Can": A Draft Genome Assembly, Liver Transcriptome, and Nutrigenomics of the European Sardine, Sardina pilchardus

    Machado, A. M., Tørresen, O. K., Kabeya, N., Couto, A., Petersen, Bent, Felicio, M., Campos, P. F., Fonseca, E., Bandarra, N., Lopes-Marques, M., Ferraz, R., Ruivo, R., Fonseca, M. M., Jentoft, S., Monroig, Ó., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia & Castro, L. F. C., 2018, I : Genes. 9, 10, s. 1-13 485.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. Udgivet

    A resource for sustainable management: De novo assembly and annotation of the liver transcriptome of the Atlantic chub mackerel, Scomber colias

    Machado, A. M., Felício, M., Fonseca, E., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia & Castro, L. F. C., 2018, I : Data in Brief. 18, s. 276-284 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Udgivet

    Genome sequence and effectorome of Moniliophthora perniciosa and Moniliophthora roreri subpopulations

    Barbosa, C. S., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Batista, T. M., Barreto, M. A., Argolo, C. S., de Carvalho, M. R., Jordao do Amaral, D. O., de Andrade Silva, E. M., Arevalo-Gardini, E., Hidalgo, K. S., Franco, G. R., Pirovani, C. P., Micheli, F. & Gramacho, K. P., 2018, I : BMC Genomics. 19, 12 s., 509.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

Forrige 1 2 Næste

ID: 33270633