Forskning ved Københavns Universitet - Københavns Universitet

Forside
Rute Andreia Rodrigues da Fonseca
Rute Andreia Rodrigues da Fonseca

Lektor

  • Center for Macroecology, Evolution and Climate

    Universitetsparken 15

    2100 København Ø


  1. Udgivet

    Cephalopod genomics: a plan of strategies and organization

    Albertin, C. B., Bonnaud, L., Brown, C. T., Crookes-Goodson, W. J., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Di Cristo, C., Dilkes, B. P., Edsinger-Gonzales, E., Freeman, Jr., R. M., Hanlon, R. T., Koenig, K. M., Lindgren, A. R., Martindale, M. Q., Minx, P., Moroz, L. L., Nödl, M., Nyholm, S. V., Ogura, A., Pungor, J. R., Rosenthal, J. J. C., Schwarz, E. M., Shigeno, S., Strugnell, J. M., Wollesen, T., Zhang, G. & Ragsdale, C. W., 2012, I : Standards in Genomic Sciences. 7, s. 175-188 14 s., 1.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  2. Udgivet

    Proteomic profiling of gill GSTs in Mytilus galloprovincialis from the North of Portugal and Galicia evidences variations at protein isoform level with a possible relation with water quality

    Azevedo, C. C., Guzman-Guillen, R., Martins, J. C., Osório, H., Vasconcelos, V., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia & Campos, A., 2015, I : Marine Environmental Research. 110, s. 152-161 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  3. Udgivet

    Genome sequence and effectorome of Moniliophthora perniciosa and Moniliophthora roreri subpopulations

    Barbosa, C. S., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Batista, T. M., Barreto, M. A., Argolo, C. S., de Carvalho, M. R., Jordao do Amaral, D. O., de Andrade Silva, E. M., Arevalo-Gardini, E., Hidalgo, K. S., Franco, G. R., Pirovani, C. P., Micheli, F. & Gramacho, K. P., 2018, I : BMC Genomics. 19, 12 s., 509.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  4. Udgivet

    Shotgun analysis of the marine mussel Mytilus edulis hemolymph proteome and mapping the innate immunity elements

    Campos, A., Apraiz, I., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia & Cristobal, S., 2015, I : Proteomics. 15, 23-24, s. 4021-4029 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  5. Udgivet

    Proteomic analysis of a pleistocene mammoth femur reveals more than one hundred ancient bone proteins

    Cappellini, Enrico, Jensen, Lars Juhl, Szklarczyk, D. M., Ginolhac, A., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Stafford jr., T., Holen, S. R., Collins, M. J., Orlando, Ludovic Antoine Alexandre, Willerslev, Eske, Gilbert, M Thomas P & Olsen, Jesper Velgaard, 2012, I : Journal of Proteome Research. 11, 2, s. 917-926 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  6. Udgivet

    Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evolution and distinct traits

    Chen, L., Qin, Q., Jiang, Y., Wang, K., Lin, Z., Li, Z., Bibi, F., Yang, Y., Wang, J., Nie, W., Su, W., Liu, G., Li, Q., Fu, W., Pan, X., Liu, C., Yang, J., Zhang, C., Yin, Y., Wang, Y., Zhao, Y., Zhang, C., Wang, Z., Qin, Y., Liu, W., Wang, B., Ren, Y., Zhang, R., Zeng, Y., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Wei, B., Li, R., Wan, W., Zhao, R., Zhu, W., Wang, Y., Duan, S., Gao, Y., Zhang, Y. E., Chen, C., Hvilsom, C., Epps, C. W., Chemnick, L. G., Doug, Y., Mirarab, S., Siegismund, Hans Redlef, Ryder, O. A., Gilbert, M Thomas P, Lewin, H. A., Zhang, Guojie, Heller, Rasmus & Wang, W., 2019, I : Science. 364, 6446, s. 1152-

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  7. Udgivet

    Ancient genomics

    Der Sarkissian, C., Allentoft, Morten Erik, Avila Arcos, M. D. C., Barnett, R., Campos, P. F., Cappellini, Enrico, Ermini, L., Fernandez Garcia, R., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Ginolhac, A., Hansen, Anders Johannes, Jónsson, H., Korneliussen, Thorfinn Sand, Margaryan, Ashot, Martin, M. D., Moreno Mayar, J. V., Raghavan, M., Rasmussen, M., Sandoval-Velasco, Marcela, Schroeder, Hannes, Schubert, M., Seguin-Orlando, A., Wales, N., Gilbert, M Thomas P, Willerslev, Eske & Orlando, Ludovic Antoine Alexandre, 2015, I : Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 370, 1660, 12 s., 20130387.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReview

  8. Udgivet

    Cephalopods in neuroscience: regulations, research and the 3Rs

    Fiorito, G., Affuso, A., Anderson, D. B., Basil, J., Bonnaud, L., Botta, G., Cole, A., D'Angelo, L., De Girolamo, P., Dennison, N., Dickel, L., Di Cosmo, A., Di Cristo, C., Gestal, C., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Grasso, F., Kristiansen, T., Kuba, M., Maffucci, F., Manciocco, A., Mark, F. C., Melillo, D., Osorio, D., Palumbo, A., Perkins, K., Ponte, G., Raspa, M., Shashar, N., Smith, J., Smith, D., Sykes, A., Villanueva, R., Tublitz, N., Zullo, L. & Andrews, P., 2014, I : Invertebrate Neuroscience. 14, 1, s. 13-36 24 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReview

  9. Udgivet

    Positive selection on the killer whale mitogenome

    Foote, A. D., Morin, P. A., Durban, J. W., Pitman, R. L., Wade, P., Willerslev, Eske, Gilbert, M Thomas P & Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, 2011, I : Biology Letters. 7, 1, s. 116-118 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetter

  10. Udgivet

    Comparative analysis of complete mitochondrial genomes suggests that relaxed purifying selection is driving high nonsynonymous evolutionary rate of the NADH2 gene in whitefish (Coregonus ssp.)

    Jacobsen, M. W., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Bernatchez, L. & Hansen, M. M., 2016, I : Molecular Phylogenetics and Evolution. 95, s. 161-170 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  11. Udgivet

    Phylogenomic analyses data of the avian phylogenomics project

    Jarvis, E. D., Mirarab, S., Aberer, A. J., Li, B., Houde, P., Li, C., Ho, S. Y. W., Faircloth, B. C., Nabholz, B., Howard, J. T., Suh, A., Weber, C. C., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Alfaro Nuñez, L. A., Narula, N., Liu, L., Burt, D., Ellegren, H., Edwards, S. V., Stamatakis, A., Mindell, D. P., Cracraft, J., Braun, E. L., Warnow, T., Wang, Jun, Gilbert, M Thomas P & Zhang, Guojie, 2015, I : GigaScience. 4, 9 s., 4.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  12. Udgivet

    Whole-genome analyses resolve early branches in the tree of life of modern birds

    Jarvis, E. D., Mirarab, S., Aberer, A. J., Li, B., Houde, P., Li, C., Ho, S. Y. W., Faircloth, B. C., Nabholz, B., Howard, J. T., Suh, A., Weber, C. C., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Li, J., Zhang, F., Li, H., Zhou, L., Narula, N., Liu, L., Ganapathy, G., Boussau, B., Bayzid, M. S., Zavidovych, V., Subramanian, S., Gabaldón, T., Capella-Gutiérrez, S., Huerta-Cepas, J., Rekepalli, B., Terkelsen, K. M., Schierup, M. H., Lindow, Bent Erik Kramer, Warren, W. C., Ray, D., Green, R. E., Bruford, M. W., Zhan, X., Dixon, A., Li, S., Li, N., Huang, Y., Derryberry, E. P., Bertelsen, Mads Frost, Sheldon, F. H., Brumfield, R. T., Mello, C. V., Lovell, P. V., Wirthlin, M., Schneider, M. P. C., Prosdocimi, F., Samaniego Castruita, J. A., Velazquez, A. M. V., Alfaro Nuñez, L. A., Campos, P., Petersen, Bent, Sicheritz-Ponten, T., Pas, A., Bailey, T., Scofield, P., Bunce, M., Lambert, D. M., Zhou, Q., Perelman, P., Driskell, A. C., Shapiro, B., Xiong, Z., Zeng, Y., Liu, S., Li, Z., Liu, B., Wu, K., Xiao, J., Yinqi, X., Zheng, Q., Zhang, Y., Yang, H., Wang, J., Smeds, L., Rheindt, F. E., Braun, M., Fjeldså, Jon, Orlando, Ludovic Antoine Alexandre, Barker, F. K., Jønsson, Knud Andreas, Johnson, W., Koepfli, K. P., O'Brien, S., Haussler, D., Ryder, O. A., Rahbek, Carsten, Willerslev, Eske, Graves, G. R., Glenn, T. C., McCormack, J., Burt, D., Ellegren, H., Alström, P., Edwards, S. V., Stamatakis, A., Mindell, D. P., Cracraft, J., Braun, E. L., Warnow, T., Wang, Jun, Gilbert, M Thomas P & Zhang, Guojie, 2014, I : Science. 346, 6215, s. 1320-1331 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  13. Udgivet

    Complete Inactivation of Sebum-Producing Genes Parallels the Loss of Sebaceous Glands in Cetacea

    Lopes-Marques, M., Machado, A. M., Alves, L. Q., Fonseca, M. M., Barbosa, S., Sinding, M. S., Rasmussen, M. H., Iversen, M. R., Bertelsen, Mads Frost, Campos, P. F., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Ruivo, R. & Castro, L. F. C., 2019, I : MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION . 36, 6, s. 1270-1280

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  14. Udgivet

    "Out of the Can": A Draft Genome Assembly, Liver Transcriptome, and Nutrigenomics of the European Sardine, Sardina pilchardus

    Machado, A. M., Tørresen, O. K., Kabeya, N., Couto, A., Petersen, Bent, Felicio, M., Campos, P. F., Fonseca, E., Bandarra, N., Lopes-Marques, M., Ferraz, R., Ruivo, R., Fonseca, M. M., Jentoft, S., Monroig, Ó., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia & Castro, L. F. C., 2018, I : Genes. 9, 10, s. 1-13 485.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  15. Udgivet

    A resource for sustainable management: De novo assembly and annotation of the liver transcriptome of the Atlantic chub mackerel, Scomber colias

    Machado, A. M., Felício, M., Fonseca, E., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia & Castro, L. F. C., 2018, I : Data in Brief. 18, s. 276-284 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  16. Udgivet

    Proteomic Profiling of Cytosolic Glutathione Transferases from Three Bivalve Species: Corbicula fluminea, Mytilus galloprovincialis and Anodonta cygnea

    Martins, J. C., Campos, A., Osorio, H., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia & Vasconcelos, V., 2014, I : International Journal of Molecular Sciences (Online). 15, 2, s. 1887-1900 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  17. Udgivet

    The elusive nature of adaptive mitochondrial DNA evolution of an Arctic lineage prone to frequent introgression

    Melo-Ferreira, J., Vilela, J., Fonseca, M. M., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Boursot, P. & Alves, P. C., 2014, I : Genome Biology and Evolution. 6, 4, s. 886-896 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  18. Udgivet

    Natural selection shaped the rise and fall of passenger pigeon genomic diversity

    Murray, G. G. R., Soares, A. E. R., Novak, B. J., Schaefer, N. K., Cahill, J. A., Baker, A. J., Demboski, J. R., Doll, A., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Fulton, T. L., Gilbert, M Thomas P, Heintzman, P. D., Letts, B., McIntosh, G., O'Connell, B. L., Peck, M., Pipes, M., Rice, E. S., Santos, K. M., Sohrweide, A. G., Vohr, S. H., Corbett-Detig, R. B., Green, R. E. & Shapiro, B., 17 nov. 2017, I : Science. 358, 6365, s. 951-954 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  19. Udgivet

    Marine genomics: news and views

    Oliveira Ribeiro, Â. M., Foote, A. D., Kupczok, A., Frazão, B., Limborg, Morten Tønsberg, Piñeiro, R., Abalde, S., Rocha, S. & Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, feb. 2017, I : Marine Genomics. 31, s. 1-8 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReview

  20. Udgivet

    Identifying loci under positive selection in complex population histories

    Refoyo Martínez, Alba, Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Halldórsdóttir, K., Árnason, E., Mailund, T. & Racimo, Fernando, 2019, I : Genome Research. 29, 9, s. 1506-1520

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  21. Udgivet

    31º South: The physiology of adaptation to arid conditions in a passerine bird

    Ribeiro, Â. M., Puetz, Lara Christine, Pattinson, N. B., Dalén, L., Deng, Y., Zhang, Guojie, Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Smit, B. & Gilbert, M Thomas P, 2019, I : Molecular Ecology. 28, 16, s. 3709-3721 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  22. Udgivet

    A refined model of the genomic basis for phenotypic variation in vertebrate hemostasis

    Ribeiro, Â. M., Zepeda Mendoza, M. L., Bertelsen, Mads Frost, Kristensen, Annemarie T., Jarvis, E. D., Gilbert, M Thomas P & Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, 2015, I : B M C Evolutionary Biology. 15, 8 s., 124.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  23. Udgivet

    Population genomic footprints of environmental pollution pressure in natural populations of the Mediterranean mussel

    Ribeiro, Â. M., Canchaya, C. A., Penaloza, F., Galindo, J. & Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, jun. 2019, I : Marine Genomics. 45, s. 11-15

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  24. Udgivet

    The origin and evolution of maize in the Southwestern United States

    Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Smith, B. D., Wales, N., Cappellini, Enrico, Skoglund, P., Fumagalli, M., Samaniego Castruita, J. A., Carøe, Christian, Avila Arcos, M. D. C., Hufnagel, D. E., Korneliussen, Thorfinn Sand, Vieira, Filipe Garrett, Jakobsson, M., Arriaza, B., Willerslev, Eske, Nielsen, Rasmus, Hufford, M. B., Albrechtsen, Anders, Ross-Ibarra, J. & Gilbert, M Thomas P, 2015, I : Nature Plants. 1, 5 s., 14003.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetter

  25. Udgivet

    Positive selection on apoptosis related genes

    Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Kosiol, C., Vinař, T., Siepel, A. & Nielsen, Rasmus, 2010, I : FEBS Letters. 584, 3, s. 469-476 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReview

  26. Udgivet

    Next-generation biology: sequencing and data analysis approaches for non-model organisms

    Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Albrechtsen, Anders, Themudo, G. E. C., Ramos Madrigal, Jazmin, Sibbesen, J. A., Sørensen, L. M., Zepeda Mendoza, M. L., Campos, P., Heller, Rasmus & Pereira, R., 2016, I : Marine Genomics. 30, s. 3-13

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  27. Udgivet

    Molecular clocks indicate turnover and diversification of modern coleoid cephalopods during the Mesozoic Marine Revolution

    Tanner, A. R., Fuchs, D., Winkelmann, I. E. H., Gilbert, M Thomas P, Pankey, M. S., Oliveira Ribeiro, Â. M., Kocot, K. M., Halanych, K. M., Oakley, T. H., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Pisani, D. & Vinther, J., 15 mar. 2017, I : Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 284, 1850, 7 s., 20162818.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  28. Udgivet

    Combined transcriptomic and proteomic analysis of the posterior salivary gland from the southern blue-ringed octopus and the southern sand octopus

    Whitelaw, B. L., Strugnell, J. M., Faou, P., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Hall, N. E., Norman, M., Finn, J. & Cooke, I. R., 2016, I : Journal of Proteome Research. 15, 9, s. 3284-3297 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  29. Udgivet

    DivA: detection of non-homologous and very divergent regions in protein sequence alignments

    Zepeda Mendoza, M. L., Nygaard, S. & Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, 2014, I : BMC Research Notes. 7, 806, 6 s., 806.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  30. Udgivet

    Comparative genomics reveals insights into avian genome evolution and adaptation

    Zhang, Guojie, Li, C., Li, Q., Li, B., Larkin, D. M., Lee, C., Storz, J. F., Antunes, A., Greenwold, M. J., Meredith, R. W., Ödeen, A., Cui, J., Zhou, Q., Xu, L., Pan, H., Wang, Z., Jin, L., Zhang, P., Hu, H., Yang, W., Hu, J., Xiao, J., Yang, Z., Liu, Y., Xie, Q., Yu, H., Lian, J., Wen, P., Zhang, F., Li, H., Zeng, Y., Xiong, Z., Liu, S., Zhou, L., Huang, Z., An, N., Wang, J., Zheng, Q., Xiong, Y., Wang, G., Wang, B., Wang, J., Fan, Y., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Alfaro Nuñez, L. A., Schubert, M., Orlando, Ludovic Antoine Alexandre, Mourier, T., Howard, J. T., Ganapathy, G., Pfenning, A., Whitney, O., Rivas, M. V., Hara, E., Smith, J., Farré, M., Narayan, J., Slavov, G., Romanov, M. N., Borges, R., MacHado, J. P., Khan, I., Springer, M. S., Gatesy, J., Hoffmann, F. G., Opazo, J. C., Håstad, O., Sawyer, R. H., Kim, H., Kim, K. W., Kim, H. J., Cho, S., Li, N., Huang, Y., Bruford, M. W., Zhan, X., Dixon, A., Bertelsen, Mads Frost, Derryberry, E., Warren, W., Wilson, R. K., Li, S., Ray, D. A., Green, R. E., O'Brien, S. J., Griffin, D., Johnson, W. E., Haussler, D., Ryder, O. A., Willerslev, Eske, Graves, G. R., Alström, P., Fjeldså, Jon, Mindell, D. P., Edwards, S. V., Braun, E. L., Rahbek, Carsten, Burt, D. W., Houde, P., Zhang, Y., Yang, H., Wang, J., Jarvis, E. D., Gilbert, M Thomas P & Wang, Jun, 2014, I : Science. 346, 6215, s. 1311-1320 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  31. Udgivet

    A draft genome sequence of the elusive giant squid, Architeuthis dux

    Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Couto, A., Machado, A. M., Brejova, B., Albertin, C. B., Silva, F., Gardner, P., Baril, T., Hayward, A., Campos, A., Ribeiro, Â. M., Barrio-Hernandez, I., Hoving, H., Tafur-Jimenez, R., Chu, C., Frazão, B., Petersen, Bent, Peñaloza, F., Musacchia, F., Alexander, G. C., Osório, H., Winkelmann, I., Simakov, O., Rasmussen, Simon, Rahman, M. Z., Pisani, D., Vinther, J., Jarvis, E., Zhang, Guojie, Strugnell, J. M., Castro, L. F. C., Fedrigo, O., Patricio, M., Li, Q., Rocha, S., Antunes, A., Wu, Y., Ma, B., Sanges, R., Vinar, T., Blagoev, B., Sicheritz-Pontén, Thomas, Nielsen, Rasmus & Gilbert, M Thomas P, 2020, I : GigaScience. 9, 1, giz152.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

  32. Udgivet

    Consequences of breed formation on patterns of genomic diversity and differentiation: the case of highly diverse peripheral Iberian cattle

    Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Urena, I., Afonso, S., Pires, A. E., Jørsboe, Emil, Chikhi, L. & Ginja, C., 2019, I : BMC Genomics. 20, s. 1-13 334.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikel

ID: 33270633